Для выполнения НИР в филиале созданы 3 лаборатории:
- лаборатория ихтиологии,
- лаборатория водных биоресурсов,
- лаборатория аквакультуры.
Для своевременного и качественного выполнения государственного задания и других научно-исследовательских работ в августе 2019 года от Азово-Черноморского филиала получен и перегнан в Казань теплоход «Владимир Усков». Уже в конце октября 2019 г сотрудниками Татарского филиала проведена первая экспедиция «ТатарстанНИРО» на новом НИС «Владимир Усков».