Для научно-практического обеспечения рыбного хозяйства Средней Волги 1 апреля 1931 г. по ходатайству Совета Министров Татарской АССР было создано рыбохозяйственное отделение Волжско-Камской промысловой биологической станции Татохотрыбаксоюза, вошедшее в 1931 г. систему Центрального Института рыбного хозяйства (ЦНИОРХ). В 1932 г. ЦНИОРХ был реорганизован во Всесоюзный научно-исследовательский институт озерного и речного рыбного хозяйства (ВНИОРХ) с сетью отделений, в том числе и Татарским, сформировавшихся из бывших рыбохозяйственных станций. В 1958 институт из Всесоюзного становится Государственным и переименовывается в ГосНИОРХ.
23 июля 2018 г. по Приказу Минсельхоза России №322 было принято решение присоединить к ФГБНУ «Всероссийский научно-исследовательский институт рыбного хозяйства и океанографии» отраслевые научные институты, включая Татарское отделение ФГБНУ «ГосНИОРХ», и создать на базе ВНИРО единый научно-исследовательский центр. Завершился один из основных этапов реорганизации 16 февраля 2019 года, когда 12 научных организаций, расположенных в разных регионах страны были присоединены к Всероссийскому НИИ рыбного хозяйства и океанографии.
У истоков Татарского филиала, в создании и его укреплении стоял доктор биологических наук, профессор Александр Владимирович Лукин, назначенный в 1931 г. заместителем директора по научной работе рыбохозяйственной станции, а с 1933 г. и вплоть до 1962 г. – бессменный директор Татарского отделения, долгие годы руководивший им и оставивший большое научное наследие. Прозорливый ум ученого и руководителя, настойчивость в отстаивании своих замыслов перед властями позволили динамично развиваться и укрепляться небольшому коллективу Отделения.
В 1962 г. Отделение возглавил кандидат биологических наук Юрий Михайлович Махотин, выведший его на высокий научный уровень, снискав этим непререкаемый авторитет в научной среде и общественных кругах.
В 1980 г. руководство Отделением принял, сохранив добрые традиции и преумножив его авторитет, кандидат биологических наук Рикс Ахметович Ризванов. За эти годы значительно расширилось поле деятельности отделения, и укрепилась его материально-техническая база.
С 1995 г. по 16 августа 2019 г. филиалом руководил Раиль Гаязович Таиров – достойный воспитанник ГосНИОРХ, вобравший в себя лучшие традиции своих предшественников.
С 19 августа 2019 г руководителем филиала назначен ученый, доктор сельскохозяйственных наук, Рашит Ракипович Сафиуллин.