Для выполнения НИР в филиале созданы 3 лаборатории:
- лаборатория ихтиологии и аквакультуры,
- лаборатория гидробиологии,
- лаборатория рыбохозяйственной экологии.
Для своевременного и качественного выполнения государственного задания и других научно-исследовательских работ в августе 2019 года получен от Азово-Черноморского филиала и перегнан в Казань теплоход "Владимир Усков", а в 2025 году получен и перегнан НИС "Профессор Бекяшев". Активное применение судов позволило расширить массив научных данных, необходимых для комплексного изучения водных биологических ресурсов и среды их обитания.